Салман Хан родился в городе Индур индийского штата Мадхья-Прадеш в семье писателя и сценариста мусульманина Салима Хана и художницы индуистки Салмы Хан (до замужества — Сушилы Чарак). Некоторые источники ошибочно указывают 1964 год рождения, но это не соответствует действительности — Салим и Салма вступили в брак осенью 1964 года. Родители Салмана имеют ещё троих родных детей — Алвиру, Арбааза и Сохейла — и одну удочерённую дочь — Арпиту. Позже Салим привёл в дом вторую жену, легендарную танцовщицу и актрису католичку Хелен, прославившуюся своим неповторимым стилем в одежде и танце. У Хелен своих детей нет, но дети Салмы называют её матерью.
Хотя Салма Хан приняла ислам после замужества, и, соответственно стала ежедневно совершать намаз и читать Коран, но она не перестала соблюдать индуистские традиции (делать пуджу, читать Гаятри-мантру и Хануман чалису). Поскольку вторая жена Салима была католичкой, то по средам семья ходила в католическую церковь на новенну. Поэтому в семье Салима Хана много лет мирно сосуществуют и поддерживаются традиции трёх религий: ислама, индуизма и католицизма, основы которых Салман и другие их дети узнали ещё в детстве.
Позже семья переехала в Бомбей, где Салман живёт в настоящее время по адресу 3 Galaxy Apartments B. J. Road, Bandstand, Bandra, Mumbai — 400050.
6 мая 2015 года Салман Хан был осуждён на 5 лет лишения свободы за наезд в пьяном виде на бездомного, ночевавшего на улице, после которого Хан скрылся. Преступление было совершено в 2002 году. Сам артист утверждает, что не был в тот день за рулём. Приговор вызвал широкий общественный резонанс. В июле 2015 года будет рассмотрена апелляция Хана на приговор, до этого времени актёр остаётся на свободе
